Trường THCS Alpha hướng đến xây dựng một môi trường toàn diện, xuất phát từ nền tảng giá trị sống cùng với chương trình và phương pháp dạy học hướng năng lực cá nhân, phù hợp với từng học sinh. Mỗi giờ học giúp các em khám phá vẻ đẹp của từng môn học, có hứng thú trong học tập, rèn luyện kỉ luật, xây dựng niềm đam mê, rèn luyện ý chí. Từ đó, các em tìm ra đúng thế mạnh của mình để bước đầu định hướng nghề nghiệp và sự nghiệp tương lai.

Chương trình giáo dục bao gồm:

• Chương trình chuẩn quy định của Bộ Giáo dục & Đào tạo
• Chương trình chuyên biệt Toán/Văn/Tiếng Anh
• Chương trình Tiếng Anh ~ 10 tiết/tuần
• Câu lạc bộ Khoa học (2 tháng/chủ đề liên môn học)
• Trải nghiệm ngoại khóa: 20 hoạt động/năm

Giai đoạn THCS là một cột mốc quan trọng, đánh dấu sự thay đổi tâm sinh lý, phát triển cả thể chất và tinh thần của học sinh. Do vậy, ngoài chương trình dạy và học chính thống, trường THCS Alpha lồng ghép việc rèn luyện kĩ năng, gia tăng hoạt động trải nghiệm, giúp các em có cơ hội khám phá thế giới, tìm ra điểm mạnh của bản thân.

Lộ trình đào tạo học sinh trong 04 năm học:

• Lớp 6, 7: Giai đoạn khám phá và tìm kiếm đam mê
• Lớp 8, 9: Giai đoạn chuyên sâu và thách thức (bồi dưỡng tài năng)

4 năm học tại THCS tại trường THCS Alpha hướng đến việc giúp các em học sinh: khởi tạo ước mơ bằng niềm tin và lòng tự trọng; sống cân bằng giữa tri thức/kĩ năng/thể chất; bước đầu tìm kiếm niềm đam mê của bản thân. Đầu ra sau khi học sinh tốt nghiệp trường THCS Alpha, các em có đủ khả năng để: tiếp tục đăng kí xét tuyển hệ THPT của Hệ thống giáo dục Alpha School; tham dự các kì thi chung vào các trường THPT, trường chuyên…; du học hoặc theo học một trường đào tạo quốc tế tại Việt Nam…